Ao ingressar no TSE, o processo foi autuado e distribuído para o relator, o então ministro da Corte e corregedor-geral da Justiça Eleitoral, João Otávio de Noronha. Em junho de 2015, foram realizadas as primeiras oitivas de testemunhas. Oitiva significa audição, no sentido de ouvir. É um termo jurídico que define a ordem em que devem ser interrogadas as pessoas envolvidas num processo. Esses depoimentos servem de suporte para a análise da ação por parte do ministro relator e a elaboração do seu relatório e voto.
Com o término do mandato do ministro João Otávio de Noronha no TSE, no dia 16 de outubro de 2015, a Aije 194358 foi redistribuída à ministra Maria Thereza de Assis Moura, então corregedora-geral da Justiça Eleitoral.
No dia 17 de março de 2016, o então presidente do TSE, ministro Dias Toffoli, determinou a unificação da tramitação das quatro ações que pedem a cassação dos mandatos de Dilma Rousseff e Michel Temer (Aije 194358, Aije 154781, Aime 761 e RP 846). Antes da decisão, a RP 846 era relatada pelo ministro Luiz Fux.
O ministro Dias Toffoli entendeu que, por tratarem do mesmo tema, os processos deveriam ser reunidos, na Corregedoria-Geral da Justiça Eleitoral, por racionalidade e eficiência processual. O ministro levou em conta também a segurança jurídica, para evitar possíveis decisões conflitantes.
Em decisão monocrática publicada no dia 22 de abril de 2016, a ministra Maria Thereza determinou a realização de perícia contábil nas empresas Focal Confecção e Comunicação Visual Ltda., Gráfica VTPB Ltda., Editora Atitude, Red Seg Gráfica e Editora e Focal Confecção e Comunicação Visual Ltda. A diligência se limitou aos fatos relacionados ou úteis à campanha eleitoral de 2014 de Dilma Rousseff e Michel Temer.
No dia 31 de agosto de 2016, com o fim do mandato da ministra Maria Thereza no TSE, a ação foi redistribuída ao ministro Herman Benjamin, empossado corregedor-geral da Justiça Eleitoral. Em março de 2017, foram realizadas acareações entre algumas das testemunhas que prestaram depoimento no TSE. No dia 21 de março de 2017, a Corregedoria-Geral da Justiça Eleitoral anunciou o encerramento da fase de instrução da Aije.
No dia 27 de março deste ano, o corregedor-geral, ministro Herman Benjamin, encaminhou à Presidência do TSE e aos demais ministros da Corte o relatório complementar e final da Aije 194358. O processo da Aije foi pautado para o dia 4 de abril, quando o Plenário da Corte Eleitoral decidiu pela oitiva de novas testemunhas antes do início do julgamento.
